Als de ziekte van Lyme vroegtijdig wordt gediagnosticeerd en correct wordt behandeld, dan geneest de ziekte snel en heeft zij weinig weerslag op het leven van de getroffen persoon. Als de diagnose echter niet snel gebeurt en de ziekte naar een gevorderd stadium evolueert, dan kan dit leiden tot invaliderende klachten. Gewoonlijk leidt de behandeling, zelfs in een gevorderd stadium van de ziekte, tot het verdwijnen of een verbetering van de symptomen.
Het doormaken van de ziekte van Lyme biedt geen beschermende immuniteit; een persoon kan dus meermaals besmet geraken.
Sommige patiënten die de ziekte van Lyme hebben gehad (en behandeld zijn) lijden aan een geheel van aspecifieke symptomen beschreven als ‘post-behandeling Lyme syndroom’. De exacte oorzaak van dit syndroom is nog onbekend. De meeste medische experts zijn van mening dat het aanhouden van de subjectieve klachten veeleer voortvloeit uit de residuele schade van de infectie aan de weefsels en het immuunsysteem dan uit het voortbestaan van de bacterie zelf. Het begrip ‘chronische ziekte van Lyme’ is slecht gedefinieerd en het gebruik ervan wordt best vermeden, aangezien er tot op heden geen bewijs is van een infectie die resistent zou zijn tegen een goed gevolgde antibioticabehandeling.